1962 жылы 25 шілдеде Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің Кокчетавта тұңғыш жоғары оқу орны – педагогикалық институтты ұйымдастыру туралы қаулысы қабылданды. Осыдан 60 жыл бұрын Қазақстандағы жаңа университет – Кокчетав педагогикалық институтының есігі алғаш рет ашылған бұл оқиға шағын қаламыз үшін елеулі болды. Алғашқы студенттер саны 150 және 10 оқытушы болды, бұл 2 факультеттің жалпы контингенті болды. Мектеп үлгісіндегі бірінші ғимарат қаланың солтүстік-батыс шетінде пайда болып, оқу кабинеттерін, зертханаларды, студенттер жатақханаларын жабдықтауға үкімет 2 миллион рубль жұмсады. 5 жылдан кейін оқу және өндірістік ғимараттардың пайдалы алаңы екі есеге ұлғайды, екі зертхана мен төрт бөлімшеде қоныс тойының басында жеті зертхана мен он бір бөлім болды. Алғаш рет студенттерді орналастыру мәселесі өткір тұрды, соған байланысты алдымен 590 орындық, кейін 600 орындық жатақхана салынды. 1965 жылы 29 наурызда институтқа қазақтың тұңғыш ғалымы, ағартушы Шоқан Шыңғысұлы Уәлихановтың есімі берілді. 1996 жылы педагогикалық, ауылшаруашылық институттары және Қарағанды ​​политехникалық институтының Кокчетав филиалы негізінде Ш.Уәлиханов университеті ашылды. Қазіргі таңда Көкшетау мемлекеттік университеті Ш.Уалиханов – көпсалалы колледж, бакалавриат, магистратура және докторантураны қамтитын ғылыми-білім шыңдарын бағындыруға бағытталған заманауи, қарқынды дамып келе жатқан университет. Университет бакалавриаттың елу төрт және магистратураның жиырма жеті мамандығы бойынша білім алуға мүмкіндік береді.