08 февраля 1993 года решением Кокшетауской городской администрации № 60а был создан архив Кокшетауской городской администрации.

Согласно Указу Президента Республики Казахстан от 03 мая 1997 года «О дальнейших мерах по совершенствованию административно-территориального устройства Республики Казахстан» была упразднена Кокшетауская область, соответственно ликвидирован Государственный архив Кокшетауской области, на его базе создан Кокшетауский филиал Северо-Казахстанского областного государственного архива. Последующая оптимизация структуры архивных учреждений области и централизация вопросов управления документацией в г. Кокшетау проведена на основании решения акима Северо-Казахстанской области от 10 февраля 1998 года № 37, в соответствии с которым был ликвидирован Кокшетауский филиал Северо-Казахстанского областного государственного архива, архив Кокшетауской городской администрации распоряжением акима г. Кокшетау от 18 февраля 1998 года № 1-44р преобразован в государственное учреждение (ГУ) «Государственный архив г. Кокшетау» и ему переданы все фонды, находящиеся на хранении в филиале.

Согласно свидетельству о государственной перерегистрации юридического лица от 18 мая 2001 года госархив г. Кокшетау стал именоваться как ГУ «Государственный архив города Кокшетау».

В дальнейшем ГУ «Государственный архив города Кокшетау» было переименовано постановлениями акимата Акмолинской области от 17 февраля 2005 года № А-3/52 в ГУ «Государственный архив города Кокшетау» отдела архивов и документации Акмолинской области и от 08 мая 2008 года № А-4/170 в ГУ «Государственный архив города Кокшетау» управления архивов и документации Акмолинской области.

В целях улучшения организации работы госархива в его структуре в 2004-2005 годах образованы 3 отдела: отдел обеспечения сохранности и государственного учета документов, отдел контроля за ведомственными архивами, отдел информации и использования документов.